Professor Nagasaki und Professor Kawaguchi vom Zentrum für Genomische Medizin der Kyoto University Graduate School of Medicine

Der leistungsstarke TS-2483XU-RP beschleunigt und rationalisiert die Analyse von Genomdaten.

  • Hintergrund

    Professor Nagasaki und Professor Kawaguchi vom Zentrum für Genomische Medizin an der Kyoto University Graduate School of Medicine untersuchen Genome, Metaboliten und Gesundheitsinformationen und suchen als Hauptziel nach krankheitsbezogenen Faktoren beim Menschen. Sie führen groß angelegte Datenanalysen von Zehntausenden von Menschen durch.

  • Herausforderungen

    Das Genom besteht aus 3 Milliarden Basenpaaren (3 GB) pro Person, und bei der Analyse des Genoms muss eine extrem große Datenmenge verarbeitet werden. Daher wurde ein leistungsfähiger Speicher benötigt. Die Professoren verwendeten bisher RAID-Speicher, die direkt als Nearline-Speicher vor Ort an jeden Computerserver angeschlossen waren, um sämtliche Daten zu speichern. Bei dieser Methode war die E/A-Geschwindigkeit ein Engpass, und die Daten waren buchstäblich über mehrere Speichereinheiten verstreut, was es den Forschern schwer machte, sie zu nutzen.

Lösung

Die Professoren installierten drei QNAP TS-2483XU-RP wegen der hohen E/A-Geschwindigkeit, der Verfügbarkeit von Ersatzteilen nach der Garantiezeit, der Kosteneffizienz und der einfacheren Portabilität (wenn das NAS an einen anderen Standort verlegt werden muss). Das TS-2483XU-RP ist ein leistungsstarkes NAS mit 24 Einschüben, das von Intel ® Xeon® E Prozessoren mit bis zu 128 GB DDR4 ECC Speicher angetrieben wird und zwei 10GbE SFP+ Anschlüsse umfasst. Die Professoren installierten auch andere verteilte Hochgeschwindigkeitsspeicher und integrierten sie mit Nearline-Speicher, der aus QNAP NAS besteht, um Daten je nach Zweck getrennt zu speichern. Die Analysedaten werden auf dem schnellsten Speicher abgelegt, während die Basisdaten als kalte Daten gespeichert werden, die zwar wichtig sind, auf die aber nur selten zugegriffen wird.

Ergebnisse

Die Professoren erhielten ein komplettes QNAP Speicherpaket, mit dem sie dank einer zentralisierten Verwaltungsschnittstelle und einer GUI-basierten Konfiguration sowohl die Lern- als auch die Verwaltungskosten erheblich reduzieren konnten. Ein QNAP NAS ist einfach zu installieren und hat sich als Medium für den Datenaustausch mit externen Institutionen unentbehrlich gemacht. Dadurch konnten sie die Benutzerfreundlichkeit durch zentralen Datenzugriff verbessern und ein kosteneffizientes Speichersystem aufbauen, das die E/A-Anforderungen erfüllt. Die Professoren bauen eine hybride Cloud-Umgebung auf, die drei Infrastrukturen kombiniert: Server vor Ort, öffentliche Clouds und eine interdisziplinäre High-Performance-Computing-Infrastruktur (auch bekannt als Supercomputer) im akademischen Informationsnetzwerk SINET*. Die Professoren nutzen QNAP NAS nicht nur wie ursprünglich angedacht als Nearline-Speicher, sondern auch als direkte E/A-Umgebung von Computerclustern. In Zukunft möchten die Professoren eine nahtlosere Umgebung schaffen, in der die Daten der einzelnen Plattformen zentralisiert sind und die Benutzer die gewünschten Daten nutzen können, ohne sich der Unterschiede zwischen den Plattformen und Anwendungen bewusst zu sein.

*SINET ist die akademische IT-Netzwerkinfrastruktur für japanische Universitäten und Forschungsinstitute.

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